A seguito delle Intese sono stati stipulati due Accordi di Programma Quadro (APQ) uno per la viabilità stradale e l’altro per la rete ferroviaria ed il materiale rotabile. Un terzo APQ riguarda la portualità minore e prevede l’intervento di allaccio stradale e ferroviario alla nuova Darsena di Ancona; di quest’ultimo si dà conto negli interventi sulla rete ferroviaria. Nel settore della Viabilità Stradale, la Regione ha sottoscritto un APQ nel maggio del 1999, interamente sostituito dall’APQ del 31 marzo 2003 – Accordo Integrativo, dove si prevedevano le seguenti opere:

- SS 76 Vallesina, tratti Serra S.Quirico-Albacina e Cancelli-Fossato;
- SS 77 Val di Chienti , tratti Sfercia-Collesentino II , Collesentino II-Muccia e Muccia- Colfiorito;
- Pedemontana, tratti Fabriano-Muccia, Fabriano-Cagli;
- Ex SS 502, Variante del Santuario del Glorioso;
- Vari tratti di strade secondarie a servizio di insediamenti produttivi della Provincia di Ascoli Piceno;
- Strada “Mezzina” della Provincia di Ascoli Piceno, I lotto.

Il 10 marzo 2005 viene sottoscritto il 2° Accordo Integrativo che prevede le seguenti opere:

- SS 76 Vallesina, Svincolo per l‟Interporto di Jesi;
- Strada “Mezzina” della Provincia di Ascoli Piceno, II lotto.

Con il 3° Accordo Integrativo del 21 dicembre 2005 vengono definiti esattamente i costi di progettazione e realizzazione del I lotto (Fabriano-Matelica) della strada Pedemontana Fabriano-Muccia.
Infine, con il 4° Accordo Integrativo si prevede la realizzazione di un primo lotto funzionale della variante alla SS 16 in corrispondenza dell’abitato di Ancona.
Inoltre, nel corso del mese di giugno 2007 verrà sottoscritto il 5° Accordo Integrativo all’Accordo di Programma Quadro Viabilità per utilizzare le risorse derivanti dalla Delibera CIPE n. 3/2006 e pari a 16,176 Meuro.
La Regione, con DGR n. 1076 del 25 settembre 2006, ha destinato complessivamente euro 19 Meuro alle infrastrutture materiali ed immateriali; di questi, euro 16 Meuro sono stati destinati alla realizzazione di interventi da individuare lungo due percorsi intervallivi fondamentali per il miglioramento dei collegamenti viari dell’area marchigiana interna ed 150.000 euro sono stati destinati al finanziamento di uno studio di fattibilità per il miglioramento del collegamento tra Pesaro e Fano attraverso la realizzazione di una strada complanare alla A14.
Sul totale di 16 Meuro, 6 sono destinati per la realizzazione della Strada Pedemontana Fabriano-Cagli, tratto compreso tra gli svincoli Cagli Centro e Cagli Fosso Screbia ed 10,025 Meuro per la realizzazione della strada intervalliva di connessione delle aree industriali del piceno (cd. Mezzina), I stralcio III lotto, Val Tronto-Val Tesino.
Il risultato della programmazione negoziata, in termini di strade realizzate, non può dirsi eclatante, sia per la quantità degli interventi, sia per il lunghissimo iter procedurale cui è sottoposto ogni atto di programmazione presso l’apposita struttura del Ministero dello Sviluppo Economico.
In ogni caso emerge il dato certo che, attraverso tale modalità sono transitati fondi destinati alle infrastrutture che la Regione ha prioritariamente attribuito a quelle nazionali sul territorio delle Marche (SS76, SS77, SS16), ma che d’ora in poi devono essere assolutamente spesi per migliorare e potenziare le sole infrastrutture di interesse regionale.